Po powrocie miała zaszczyt gościć w swoich progach wielu zwycięskich przywódców (w tym cara Aleksandra), którzy pragnęli złożyć hołd jej wdziękom nadal godnym uwagi. Niedługo cieszyła się takim zainteresowaniem. Zaraziła się dyfterytem i 29 maja zmarła.

W rok później jej córka Hortensja (matka Napoleona III) znalazła się w towarzystwie Napoleona podczas jego ostatecznego odwrotu z Paryża. Po ucieczce z Elby Bonapartemu udało się na nowo podbić Francję, zanim jego zaskoczeni wrogowie zdołali to uniemożliwić. Wkrótce jednak zmobilizowali swe siły i wygnali go z Paryża, skazując ostatecznie na dożywotnie wygnanie na Wyspę św. Heleny. Przed odwrotem z Paryża złożył wraz z Hortensją ostatnią krótką wizytę w Malmaison. Wszystko tam - meble, draperie, dywany - przypominało im o wdzięku Józefiny, o jej elegancji i zamiłowaniu do piękna. Gdy podeszli do drzwi pokoju, w którym zmarła, poprosił Hortensję, aby zostawiła go na chwilę samego. Kiedy po kilku minutach wyszedł, Hortensja spostrzegła, że oczy ma pełne łez.