zapobiec groteskowej sytuacji, Abe udał się na Kapitol, gdzie złożył przed komisją następujące oświadczenie: "Ja, Abraham Lincoln, prezydent Stanów Zjednoczonych, z własnej nieprzymuszonej woli staję przed tą oto senacką komisją, aby oświadczyć, że z tego, co mi wiadome, nieprawdą jest, iż jakikolwiek z członków mojej rodziny jest winien zdrady kontaktowania się z wrogiem". Oświadczył to z takim przekonaniem i godnością, że nikt już nigdy nie odważył się kwestionować lojalności Mary.

Jedną z pozytywnych stron wojny z jej punktu widzenia była częsta obecność Abe w domu. Spędzali ze sobą większość wieczorów i codziennie odbywali przejażdżki w prezydenckim powozie: czasami odwiedzali rannych w szpitalach wojennych. Abe nigdy nie okazywał sympatii kobietom, po części dlatego że Mary potrafiła być bardzo zazdrosna, ale przede wszystkim z braku zainteresowania nimi. Na przyjęciu w Białym Domu, spoglądając rozjaśnionymi oczami na Mary, dyskutującą z ożywieniem, powiedział do stojącego obok niego reportera: "Moja żona jest nadal równie piękna jak wtedy, kiedy była młodą dziewczyną, a ja ubogim, nic nie znaczącym facetem, który się w niej zakochał i na dodatek nigdy się już nie odkochał".

Tragicznego wieczoru w Fords Theatre w kwietniu 1865 roku, kiedy John Wilkes Booth kierował swe kroki w stronę prezydenckiej loży, Mary i Abe siedzieli obok siebie, z uwagą śledząc akcję sztuki, i trzymali się za ręce...