Lukrecja nie była już teraz bierną nieletnią dziewczyną, nic nie rozumiejącą z toczącej się wokół niej wielkiej gry, jak to miało miejsce w czasie jej poprzednich małżeńskich i pseudomałżeńskich związków narzuconych jej przez ówczesne społeczeństwo, całkowicie zdominowane przez mężczyzn. Miała wówczas osiemnaście lat i była szczupłą, towarzysko wyrobioną i obytą, atrakcyjną blondynką, chętną na przyjęcie męża, byle przyjemniejszego niż Giovanni Sforza, który na dodatek był od niej piętnaście lat starszy. Ponieważ nadal ślepo wykonywała rozkazy ojca, można sobie wyobrazić, jak mile była zdziwiona faktem, iż Alfonso jest nie tylko jej rówieśnikiem, ale także młodzieńcem wykształconym, uczciwym, grzecznym i nieśmiałym. Uchodził ponadto za jednego z najładniejszych chłopców, jakich Rzym kiedykolwiek oglądał.

Niewątpliwie musiała ją dręczyć świadomość własnej, niezbyt dobrej reputacji oraz obawa, jak na nią zareaguje Alfonso. Sforza zmuszony do podpisania oświadczenia o swojej rzekomej impotencji, będącego podstawą do unieważnienia małżeństwa, zreflektował się wkrótce, że popełnił błąd i zaczął tracić panowanie nad sobą. Urażona została jego męska duma prawdziwego Włocha; dodatkowo dręczyła go świadomość, że własna chciwość (pozwolono mu zatrzymać posag Lukrecji) postawiła go w takim niemiłym położeniu. Szukając dla siebie usprawiedliwienia, wybrał drogę ataku. Rozpuszczał pogłoski, że padł ofiarą zmowy, ponieważ kochliwy papież i jego równie kochliwy syn, Cezar, kardynał Borgia, pragnęli zatrzymać apetyczną Lukrecję przy sobie dla zaspokojenia własnej niezdrowej żądzy. Insynuacja kazirodztwa, podsycana nie tajonymi oznakami miłości Aleksandra do córki i jego wręcz niewolniczym od niej uzależnieniu mimo przedmiotowego traktowania, towarzyszyła Lukrecji do końca życia.

Historia przykleiła jej taką etykietkę. Jednakże ten niesmaczny wątek, podjęty w sztuce Wiktora Hugo i operze Donizettiego, był prawdopodobnie zwykłym oszczerstwem zrodzonym na plotkarskiej glebie. Skłonni do intryg, przymykający oczy na zło, lubieżni i chciwi panowie Borgia mieli mnóstwo zaciętych wrogów, gotowych przypisywać im nawet nie zawsze popełnione przez nich zbrodnie. Jeśli mogli w tym celu posłużyć się Lukrecją, nie zawahali się. Zaprzeczeniem tych pomówień są relacje świadków starających się w bezstronnym świetle przedstawić jej charakter i zachowanie. Należą do nich między innymi przedstawiciele rodzin ewentualnych kandydatów do jej ręki; nie było im przecież obojętne, kto wejdzie do ich środowiska: dziewczyna uczciwa czy ladacznica. Wszystkie te bez wyjątku relacje są przychylne dla Lukrecji. Lubiła się stroić, bawić i błyszczeć na miarę swoich czasów i pozycji, ale biorąc pod uwagę epokę, w której żyła, nie robiła nic zdrożnego. Uchodziła za młodą, uroczą damę, pełną werwy i życia, nie stroniącą od żartów, lecz jednocześnie taktowną i uprzejmą wobec ludzi; lubiła tańczyć i poruszała się z wielkim wdziękiem, była elokwentna i w ogóle jej zachowaniu nic nie można było zarzucić.

Jakakolwiek była o niej opinia, nie miało to dla Alfonsa znaczenia. Od pierwszego wejrzenia zapałał do niej wielką miłością, którą w pełni odwzajemniła. Ich noc poślubna musiała być dla nich niebiańskim przeżyciem, ponieważ świadkowie, którzy widzieli ich następnego dnia, stwierdzają zgodnie, że obydwoje sprawiali wrażenie pary lunatyków. Aleksander, który oddał im do dyspozycji jeden z renesansowych pałaców w Watykanie, z radością obserwował ich szczęście. Jego uczucie do córki - będące niewątpliwie formą miłości samego siebie - było autentyczne i głębokie. Ustępowało jedynie zamiłowaniu do politycznych intryg i manipulacji.

Pragnąc jeszcze bardziej zacieśnić swoje stosunki z królem Fryderykiem neapolitańskim, zaproponował, aby niezamężna córka Fryderyka, a siostra Alfonsa, poślubiła jego syna, Cezarego. Fryderyk jednak odmówił. Istniejące już powiązania z rodziną Borgiów były wystarczająco denerwujące: jego córka Sancia była przez jakiś czas żoną jednego z młodszych synów Aleksandra, a ponadto uchodziła również za kochankę Cezarego. Na myśl o jeszcze silniejszej zależności wpadł w popłoch. Na dodatek pomysł wydania córki za kardynała wydał mu się trochę niestosowny. Zwlekał więc z decyzją dopóty, dopóki się dało. Wreszcie w maju 1499 roku podczas wizyty w Paryżu Cezary nieoczekiwanie poślubił francuską księżniczkę. To położyło kres trudnościom, ale jednocześnie przysporzyło Aleksandrowi kolejnego kłopotu. Król Francji, Ludwik XII, rościł sobie prawa do Neapolu, co stawiało Fryderyka w roli nielegalnego władcy. Francja i Neapol były więc przeciwnikami, co stwarzało Aleksandrowi wysoce niewygodną polityczną sytuację.

Położenie niezręczne dla Aleksandra było jeszcze bardziej niekorzystne dla Alfonsa jako krewnego Fryderyka. Usunięcie jego osoby z pola gry wydawało się jedynym rozwiązaniem papieskiego dylematu. Spodziewając się tego, w sierpniu 1499 roku, po naradzie z neapolitańskim ambasadorem, młody Włoch opuścił potajemnie Watykan i udał się na południe, gdzie znalazł schronienie w zamku jednego z przyjaciół.