wychowanych młodych dam z jej sfery seks traktowany był jak bolesny obowiązek niezbędny dla utrzymania rasy. To nie był czas, kiedy przez słowa: miłość i kochać się, rozumiało się jedno i to samo. We współżyciu z Franklinem nie zaznała erotycznej ekstazy, ale nie oznaczało to bynajmniej, że jej uległość nie była aktem miłości. Jednakże jej niechęć do seksu niewątpliwie przyczyniła się do największego małżeńskiego kryzysu w ich życiu.

Po powrocie z podróży poślubnej wynajęli dom w Nowym Jorku w pobliżu Sary i zaczęli prowadzić spokojny, uregulowany tryb życia; Franklin studiował pilnie, aby ukończyć swoje prawo, a Eleonora pod kierunkiem Sary przygotowywała się do roli pani domu i matki. Po urodzeniu się ich pierwszej córki, Anny, w maju 1906 roku, Sara udzielała synowej dodatkowych porad, mimo iż marzył jej się wnuk. W maju następnego roku do macierzyńskiego sukcesu Eleonory Franklin dołożył swój zawodowy triumf, wpisując się na listę adwokatów. Regularnie wyjeżdżali latem na wyspę Campobello, gdzie Eleonora, przezwyciężając wstręt do wody, zainteresowała się żeglarstwem, aby móc dzielić ulubione hobby męża. Ale już w innych dziedzinach sportu nie podzielała jego upodobań. Obojętny był jej tenis i golf, nie potrafiła też wykrzesać z siebie entuzjazmu do jazdy konnej. Ich wspólne sportowe zamiłowania sprowadzały się głównie do pikników i spacerów. Sytuacji nie ułatwiały częste ciąże, które ograniczały uczestniczenie w towarzyskim życiu.

Szybko rozwijająca się polityczna kariera Franklina, najpierw jako senatora stanowego w Albany, a następnie jako zastępcy sekretarza do spraw marynarki w administracji Wilsona, również nie wpływała pozytywnie na ich małżeńską więź. Chociaż Eleonora jako żona polityka pełniła swą funkcję z doskonałą znajomością rzeczy, a nawet z czasem ją polubiła, starano się usilnie wepchnąć ją w ramy wyłącznie towarzyszki życia. I wreszcie dochodziła jeszcze taka drobnostka jak osobisty urok Franklina i jego powodzenie u kobiet; nie należał do zawodowych uwodzicieli, ale był czuły na wdzięki także innych pań. A już z całą pewnością nie był nieczuły na powaby Lucy Mercer, młodej damy pochodzącej z dobrej, ale zubożałej rodziny. Lucy była sekretarką Eleonory do spraw społecznych w latach 1913 - 1918. Podejrzenia Eleonory i jej zazdrość podczas tych pięciu lat nasilały się stopniowo, chociaż nigdy do tego stopnia, by wywołać coś więcej jak bliżej nie określony niepokój. Zdawała sobie sprawę, że Lucy dzieliła upodobanie Franklina do wesołego towarzystwa i zabawy. Mogła jedynie mieć nadzieję, że nie przekroczy ono progu owej tajemniczej przyjemności, której nie mogła zrozumieć; miała tylko mglistą świadomość, że są kobiety, które za taką uciechą przepadają. I wtedy to pewnego dnia we wrześniu 1918 roku, przeglądając korespondencję w zastępstwie Franklina, który leżał chory po powrocie z oficjalnej podróży do Europy, natknęła się na kilka listów od Lucy; uświadomiły jej one, że uciechy poszły dalej, niż myślała. Była zdruzgotana.

Zaproponowała Franklinowi rozwód. Nie wystąpiłaby z tą propozycją ze względu na dzieci, gdyby nie upierał się przy statusie trójkąta małżeńskiego. Koniec z Lucy. Pod naciskiem rozgniewanej Sary i zaniepokojonego Louisa Howe, jego nowego politycznego Svengali, a także w pewnym sensie i samej Lucy, która jako katoliczka nie miała ochoty poślubić rozwiedzionego ojca pięciorga dzieci - Franklin uległ i zgodził się na postawione warunki. W jakiej mierze miłość do Eleonory wpłynęła na tę decyzję, nie dowiedziała się praktycznie nigdy.

Niemniej kochał ją tak, że zmienił do niej swój stosunek. Jego skrucha była naprawdę szczera. Starał się być dla niej miły i bardziej uważać na swoje zachowanie, ale nie potrafił się wyzbyć takich drażniących nawyków, jak chroniczna niepunktualność. Ona starała się być wesoła i chętniej uczestniczyła w życiu towarzyskim. Martwiła się o niego często niepotrzebnie, jak na przykład wtedy, kiedy przebywał w Waszyngtonie podczas rasowych zamieszek w 1919 roku. I chociaż przyrzekła sobie uniezależnić się od niego psychicznie, jej stosunek do niego w dalszym ciągu cechowało pełne oddania uczucie. Gdyby było inaczej, prawdopodobnie nie byłaby w stanie stawić tak bohatersko czoło kolejnemu ciężkiemu kryzysowi w ich życiu.

Był to atak polio. W 1921 roku po energicznej, chociaż nieudanej kampanii na stanowisko wiceprezydenta z ramienia Partii Demokratycznej, Franklin wyrwał się na wymarzony urlop na Campobello. Zamiast jednak leżeć i odpoczywać zaczął intensywnie uprawiać swoje ulubione sporty: grał w tenisa, w baseballa, pływał, żeglował - aż padł ze zmęczenia. Śmiertelnie wyczerpany rzucił się w mokrych kąpielówkach na łóżko i zaczął przeglądać prasę. Wkrótce dostał dreszczy. Następnego dnia rano, 11 sierpnia, pojawiła się wysoka gorączka oraz trudności z poruszaniem lewą nogą; w południe już obie nogi miał bezwładne. Do piątku był już sparaliżowany od pasa w dół, łącznie z nogami i rękami. Wezwano lekarzy, którzy stwierdzili, że powodem była grudka krwi, która dostała się do dolnej części